Program Al-qur’an berfokus kepada kemampuan menghafal, membaca, dan menulis. Setiap kelas akan dibagi dalam 2 kelompok kecil dan didampingi dengan para hafidz atau hafidzoh. Selama masa studi siswa akan mampu membaca Alqur’an dengan standar bacaan yang baik dan benar, menghafal minimal 18 juz Al-qur’an untuk siswa sekolah dasar (SD) dan 6 juz Al-qur’an untuk siswa sekolah menengah pertama (SMP).